Nhiều nhà khảo cổ cho rằng, Smenkhkare là con của Akhenaten và thứ phi Kiya. Kiya cũng được cho là mẹ đẻ của Tutankhamun. Như thế, ông và Tut là 2 anh em ruột. Nhưng Tut và Smenkhkare cũng có thể chỉ là anh em cùng cha, và một trong 2 người là con của một thứ phi khác. Có ý kiến cho rằng, Smenkhkare quá lớn tuổi để xem như là con của Akhenaten. Thứ phi Kiya, được cho là 1 công chúa ngoại quốc. Bà đã lấy Amenhotep III trước khi tái giá với con trai ông, Akhenaten. Có thể Smenkhkare là con của Amenhotep III và Kiya, nhưng đó chỉ là một suy đoán vô căn cứ[4].